随着分子遗传学的发展，人们逐渐认识到肿瘤的发生发展与多种控制细胞正常生长和分化的基因受到损伤而变异有关，这种损伤积累导致了癌基因的激活和抑癌基因的丢失或失活，抑癌基因的丢失和癌基因的表达是肿瘤发生的主要原因。
其癌基因如下：
1.SAS(sarcoma amplified sequence)基因：最初从恶性组织细胞瘤分离出来，在一些软组织肿瘤中有明显的扩增，并与肿瘤的生长、转移有关。骨肉瘤SAS的扩增表明肿瘤的高度恶性。
2. MDM2(muri nedouble minute 2 )基因：是一种进化保守基因，具有转录因子的功能，它与p53蛋白结合使p53功能失活。在骨肉瘤中MDM2的扩增与p53的失活同时存在，多见于复发和转移的骨肉瘤，可以估计骨肉瘤的预后。
3. c-myc基因：在恶性骨肿瘤中明显表达。骨肉瘤中c-myc基因的扩增与肿瘤细胞的生长和分裂有关，恶性、进展迅速、有转移倾向的骨肉瘤病人c-myc基因扩增，并伴有Rb基因位点结构的改变。
4. ras基因：在骨肉瘤、软骨肉瘤和骨巨细胞瘤中均有高表达，ras基因活化又与W型胶原酶的高表达有密切联系，认为ras基因激活与促进恶性骨肿瘤细胞的浸润和转移有关。
5. c-fos基因：在恶性骨肿瘤中有强表达，与大部分骨肉瘤的浸润生长有关，并促使骨肉瘤细胞产生各种遗传学变化。骨肉瘤的发生需要一定的c-fos基因水平。